A Segunda Filial da Nerv (ou Nerv-02), está localizada em Nevada, EUA (possivelmente na Área 51). Foi aonde a Unidade 04 foi criada.
Durante um teste para a instalação de um Motor S² artificial na Unidade 04, toda a base, juntamente com centenas de funcionários e tudo o mais num raio de 89 quilômetros misteriosamente desapareceu sem deixar vestígio. A causa exata do desaparecimento é desconhecida, mas, como visto na série, é afirmado que isso não foi causado por uma simples explosão. Ritsuko Akagi teorizou que, por motivos desconhecidos, um Mar de Dirac, semelhante ao utilizado pelo Anjo Leliel foi formado, sugando toda a base para seu interior.
Um trio de supercomputadores Magi, provavelmente, também está (estava) localizado na Nerv-02 antes de seu desaparecimento.
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