A Terceira Filial da Nerv (ou Nerv-03) (também conhecida simplesmente como "Nerv-Alemã") encontra-se na Alemanha (possivelmente em Berlim ou Hamburgo). É onde a Unidade 02 foi construída. Asuka Langley Soryu aparentemente foi treinada na Nerv-03 com a Unidade 02 há algum tempo. Misato Katsuragi trabalhou na Nerv-03, assim como quando ela se juntou à Gehirn em 2010 (logo antes da Gehirn ser reorganizada em Nerv no final daquele mesmo ano), e, durante um período de tempo desconhecido, parece ter sido a responsável tutelar de Asuka enquanto na Alemanha. Mais tarde, Ryoji Kaji passou a ser o responsável de Asuka na Nerv-03. Asuka, Kaji, e a Unidade 02 foram transportados da Nerv-03 para a sede principal da Nerv no Japão através de um grande comboio naval das Nações Unidas com a Frota Naval de todo o pacífico como escolta.
A terceira base filial tem uma presença mais proeminente na série do que os outras, principalmente por causa do passado de Asuka lá. Quando o Anjo Shamshel foi morto e seu cadáver permaneceu relativamente intacto, os restos de seu núcleo foram enviados para a Nerv-03 para que lá pesquisassem a estranha engenharia reversa de um Motor S² para futuros usos nos Evangelions. Mesmo depois da Nerv-02 desaparecer, os dados experimentais sobre o Motor S² foram salvos e transferidos para a Nerv-03 para dar continuidade com as pesquisas do projeto.
A Nerv-03 provavelmente está localizada em qualquer lugar de Berlim ou Hamburgo, pois o supercomputador "Magi 03" está localizado em Berlim e o "Magi 05" está em Hamburgo. Se a Nerv-03 está em uma dessas cidades, uma outra base da Nerv, então, de alguma forma, está localizada na outra. A "Nerv-03" é frequentemente chamada apenas de "Nerv-Alemã", no entanto, de modo que não é claro se há uma segunda "base filial", na Alemanha. O jogo de vídeo game Shinji Ikari Raising Project parece implicar que a Nerv-03 esteja em Berlim, pois é de onde ele diz que Asuka está vindo (apesar de Asuka e a Unidade 02 terem saído de Wilhelmshaven, na Alemanha, de acordo com a preview do episódio 07).
| Organizações |
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| Agência Especial Nerv: |
| Quartel General (Novo QG) | 1ª Filial | 2ª Filial | 3ª Filial |
| 7ª Filial da Nerv (Base Tabgha) | Base Betânia | Base Golgotha |