Novo logotipo da Nerv visto em Evangelion: 3.0.
Em Evangelion: 3.0, após 14 anos, a Sede da Nerv sofreu grandes mudanças. Agora a Nova Sede da Nerv está a milhares metros acima do antigo Geofront, no meio de um deserto vermelho pós-Terceiro Impacto. As ruínas da antiga sede estão enterradas no fundo de uma enorme pirâmide invertida de concreto contendo o Novo QG. O logotipo da própria Nerv também foi transformado em um tipo de hieróglifo.
A Nova Sede contém muitas das antigas instalações da Nerv, embora a maioria se encontrem em ruínas. O complexo parece ser totalmente automatizado, com apenas Gendo, Fuyutsuki, Rei, Kaworu e Shinji sendo, agora, as únicas pessoas vivas mostradas dentro do lugar. Tanto o interior quanto o exterior das instalações está crivado por crateras, aparentemente de uma batalha de grandes proporções que houve em algum ponto ainda não mostrado da história. Partes das instalações também são mostradas preenchidas com bakelite petrificado. Os danos fazem alusões a eventos semelhantes aos observados em uma continuidade separada — especificamente durante o ataque da JSSDF em The End of Evangelion —, mas as causas exatas ainda são desconhecidas.
Antigas Gaiolas dos Evangelions[]
As antigas Gaiolas dos Evas estão agora completamente expostas ao céu, e revestidas em um tipo de pó vermelho. Kaworu montou seu piano em uma área limpa desse pó e com algumas plantas crescendo ao redor.
Antigo Centro de Comando[]
O antigo Centro de Comando da Nerv é mostrado completamente em ruínas. A cabeça decepada de Lilith, (agora na forma de Rei) encontra-se dentro do lugar e cercada por várias e congeladas "Falhas do Infinito" que tentam agarra-la.
O quarto de Shinji[]
Shinji é mantido em uma sala vazia contendo apenas uma cama. Ele recebe roupas e alimentos frescos através de um sistema dispensador automático.
Instalação de LCL de Rei[]
Uma instalação que aparece praticamente inalterada é a Instalação de LCL de Rei que ainda contem seu tanque de LCL.
Casulo do Eva 13[]
O Eva 13 foi construído, ou possivelmente "cultivado", dentro de uma estrutura similar a um casulo mecânico que tem semelhanças com o do motor principal do Wunder AAA, o qual está localizado dentro de uma gigantesca câmara.
Escritório de Gendo[]
Partes do antigo escritório de Gendo milagrosamente sobreviveram ao ataque de Zeruel, e agora estão expostos ao ar. Gendo e Fuyutsuki ainda realizaram reuniões no interior do local.
A Câmara de Lilith[]
No nível mais inferior do Central Dogma encontra-se a Câmara de Lilith, que, assim como a própria Lilith, sofreu muitas alterações pelos acontecimentos do Terceiro Impacto.
A Câmara dos Monólitos da Seele[]
Os Monólitos da Seele, na maior parte do tempo, ficam flutuando em silêncio no ar dentro de uma câmara em algum lugar no Novo QG da Nerv. A câmara também contém máquinas que mais tarde Fuyutsuki usa para desativar os monólitos, bem como um dispositivo anti-gravidade que Gendo mais tarde usa para flutuar enquanto conversa com os monólitos.