Os Protótipos de Evangelions Falhos são o resultado das inúmeras tentativas iniciais fracassadas da Gehirn de tentar criar uma Unidade Evangelion funcional. Vários protótipos de Evas foram feitos, todos eles considerados "falhos". Várias dezenas de protótipos parecem ter sido construídos, antes de serem finalmente capazes de construir um Eva funcional (pelo menos 50 são visíveis em uma única cena). O primeiro Protótipo Evangelion, que Kozo Fuyutsuki viu em flashbacks no episódio 21, tinha cinco olhos. Em última análise, o primeiro protótipo Evangelion construído com sucesso foi a Unidade Evangelion 00.
As Unidades Protótipo foram descartados em 2005, dez anos antes da série começar. Os restos dos protótipos fracassados foram posteriormente armazenados no "cemitério Eva", localizado no Terminal Dogma, que de acordo com Ritsuko Akagi nada mais é do que uma lixão para os protótipos descartados. Em 2015, a maioria das partes orgânicas da Unidade falhas estão apodrecidas, deixando pouco mais do que uma cabeça blindada conectada a uma coluna vertebral, muitas vezes acompanhada por um conjunto incompleto de ossos dos membros malformados, insinuando talvez a sua aparência original horrivelmente deformada. Todos os protótipos falhos têm a coloração laranja na armadura e em seus capacetes, que por sinal tem o designer semelhante ao capacete original da Unidade 00 (e com a mesma coloração laranja). Eles têm a palavra "rejeitado" pintada em suas cabeças em grandes letras vermelhas. Na versão original em mangá, os protótipos falhos dos Evas foram colocados em um enorme galpão vazio, com o que restava de seus membros cuidadosamente combinados com sua espinha dorsal e outras partes do corpo, e depois circulados por marcas de giz.
Director's Cut do Episódio 23 (assim como no mangá) mostram um cemitério Eva muito diferente. Na versão original, os esqueletos dos Evas falhos foram colocados sobre um chão em uma única e gigantesca câmara subterrânea, com o que restava de seus membros foram cuidadosamente combinados com suas cabeças e as espinhas dorsais e rodeados por contornos de giz em forma humanoide. No director's cut (cortes do diretor), dezenas de cadáveres Eva foram simplesmente jogados ao acaso em um poço em forma de Árvore de Sephiroth.
Durante The End of Evangelion, mais de uma dúzia de protótipos falhos são vistos, suspensos verticalmente por suas cabeças. Os Evas falhos visto aqui mostram grandes variações na sua estrutura facial, alguns até possuindo com um crânio humano (evidentemente mostrando a ligação entre Evas e seres humanos). Alguns também têm rótulos em suas espinhas identificando as vértebras (como VC-3). Enquanto dirige, Misato volta ao passado em relação a esses Evas, enquanto explica a verdadeira natureza dos Anjos e dos Evas para Shinji.
| Evangelions |
| Evangelions (informações gerais) |
| Neon Genesis Evangelion: Protótipos Falhos | Corpos de Simulação | Unidade 00 | Unidade 01 | Unidade 02 | Unidade 03 | Unidade 04 | Unidades de Produção em Massa (Unidades 05~13) |
| Rebuild of Evangelion: Unidade Mark.04 | Unidade 05 | Unidade Mark.06 | Unidade 08 | Unidade Mark.09 | Unidade 13 | Unidade 8+2 | Unidades de Produção em Massa | Falhas do Infinito |
| Evangelion -ANIMA-: Unidade 01 Estagio 2 | Unidade Evangelion 00 Tipo F-Type Allegorica | Unidade 0.0 | Super Unidade 01 | Super Unidade 01 Modelo Final | Unidade 02 Tipo II | Unidade 02 Tipo II Allegorica | Crimson A1 | Torwartα1 | Evangelion EUROII | Evangelion US | Armaros | Victor | Portador Angelical |
| Battle Orchestra: Unidade-α | Unidade Tipo β |
| Outros: Akashima | T•RIDEN•T | Jet Alone | Jet Alone Prime | Unidades Extracanônicas |