Lilith recolhendo almas em seu ovulo durante o Terceiro Impacto.
O Terceiro Impacto (サードインパクト) é o evento final previsto nos Manuscritos do Mar Morto, que estão em posse da SEELE. alcançar o correto Terceiro Impacto é o objetivo final de seus esforços.
O Terceiro Impacto é desencadeado pela união de Adão e Lilith, que tem como resultado a criação de um ser supremo que teria sucesso na sua criação juntando toda a vida existente na Terra em uma só. O objetivo da SEELE e da NERV é impedir que qualquer um dos Anjos começe o Terceiro Impacto objetivando que a própria humanidade poderia fazê-lo e seguir seu próprio caminho evolutivo, em vez dos Anjos, cumprindo assim a meta do Projeto de Instrumentalidade Humana.
O Terceiro Impacto ocorre em ambas as séries televisivas e em The End of Evangelion, enquanto que a série oferece apenas alguns vislumbres do evento, centrando-se apenas na complementação de Shinji Ikari, The End of Evangelion oferece uma completa e diferentes acontecimentos para o fim da série.
As asas de Lilith se expandindo durante o Terceiro Impacto.
Antes do Terceiro Impacto a NERV e a SEELE viram-se uma contra a outra, e é mostrada a tentativa de Gendo Ikari para realizar o seu próprio Terceiro Impacto, unindo Rei com Lilith, e seu próprio corpo com Adão (que já o possuia na palma da mão direita). Mas depois de Gendo se fundir com Adão e, logo em seguida, com Rei ela o rejeita. Se reunir novamente com Yui Ikari (sua falecida mulher) e ganhar poderes divinos era o verdadeiro objetivo de Gendo, algo que ele vinha planejando e buscando a muito tempo. Toda a humanidade começa então a retornar para o Ovo de Lilith de onde originalmente veio. A fusão de Lilith (possuidora da Árvore do Conhecimento) e Adão (possuidor da Árvore da Vida) - respectivamente em formas de Rei Ayanami e Kaworu Nagisa - neutraliza os Campos AT de todos os seres humanos na Terra e absorve suas almas em seu/si mesmo. Shinji entretanto, foi colocado à frente da Árvore da Vida, composto por ele mesmo na Unidade 01 e os 9 Evas de Produção em Massa crucificados com suas replicas da Lanças de Longinus (cada Evangelion crucificado representando uma das Sephiroths da Árvore da Vida). O controle do poder absoluto e supremo é então colocado nas mãos de Shinji como o sacrifício e iniciador do Terceiro Impacto. Com a unificação dos anjos e seres humanos, o poder de Deus é desbloqueado: "O fruto da vida a cargo dos Anjos, e o fruto do conhecimento suportados pelos seres humanos. O Eva 01 adquiriu ambos os dons, e assim, tornou-se agora algo para rivalizar com o poder de Deus."
Terceiro Impacto no mangá.
No entanto, Shinji Ikari faz a fatídica decisão de rejeitar a Instrumentalidade, terminando assim o Terceiro Impacto. Está implícito que todos os indivíduos com um forte senso de si mesmo e que optar por fazê-lo, pode eventualmente, recuperar a forma humana com a condição de que se imaginar "dentro de seu próprio coração" (se é que é possivel "imaginar-se dentro do seu próprio coração").